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嚴重肺部感染有很大概率會引起呼吸衰竭。因為呼吸衰竭的患者不能提供足夠氧氣，或肺內廢氣排不出來，二氧化碳排不出來稱為呼吸衰竭，需要輔助呼吸吸氧來處理。人體的氧氣供給和二氧化碳排出靠肺部進行氣體交換，肺泡組織在嚴重感染時，往往會導致肺泡組織損傷或肺泡組織水腫、肺泡閉塞，會減少體內氣體交換，會引起氧氣不能滿足人體的需求，二氧化碳不能及時排出體外，積聚在體內引起一系列變化。 感染以后可能會造成肺部壞死，肺功能缺失，甚至呼吸循環功能障礙會引起呼吸衰竭。