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益生菌是改善腸道菌群的藥物。結腸中含有大量細菌，其分為有害菌和有益菌，二者之間是一種動態平衡，相互制約，缺一不可。細菌在腸道中主要是幫助消化吸收營養物質，鞏固腸黏膜屏障。如果腸道菌群發生改變，如應用大量抗生素或感染有害菌等，會造成腸道菌群失調，從而影響消化吸收，破壞腸道黏膜屏障，可以出現腹痛、腹瀉及腸道內細菌毒素的易位而造成菌血癥等情況。 益生菌有重建腸道菌群的平衡、恢復腸道黏膜屏障、恢復對營養物質的消化吸收的作用。此外益生菌還有改善和調節免疫力的作用，很多動物實驗都提示益生菌有清除病菌、減少毒素易位的能力，還可以改善脂肪肝及動脈粥樣硬化等多種疾病。且益生菌副作用較小，適于長期使用。