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甲胎蛋白異質體是由蛋白結構不同的甲胎蛋白衍生而來，臨床上主要包括三種，即甲胎蛋白異質體1、甲胎蛋白異質體2和甲胎蛋白異質體3，不同類型在臨床上代表的疾病類型也不同。一般一些慢性活動性肝炎的患者或者肝硬的患者，常會出現甲胎蛋白異質體1指標的明顯升高，而甲胎蛋白異質體3指標的明顯升高，常提示原發性肝癌疾病的存在。而甲胎蛋白抑制體2指標的明顯升高，常提示被監測者可能患有卵巢腫瘤或者是卵巢囊腫等疾病。還有些女性在妊娠初期，也可能會出現甲胎蛋白異質體2指標的輕度升高。臨床上可以通過甲胎蛋白異質體的不同類型，來評估被監測者患有何種疾病，然后根據不同的原因，采取個體化的治療措施，使甲胎蛋白異質體的指標恢復到正常水平。