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甲胎蛋白異質體目前臨床上主要用于檢測被監測者是否患有一些腫瘤疾病，主要是為了評估原發性肝癌等疾病，與甲胎蛋白異質體之間的關系。甲胎蛋白異質體是從甲胎蛋白衍生而來的蛋白質結構，是存在差異的一些蛋白物質，這種蛋白物質在正常情況下處于陰性狀態。而在一些疾病人群中如原發性肝癌的患者，常會出現這項指標的陽性結果。臨床上，可以根據這項指標的陽性結果，提示一些腫瘤疾病的存在，可以作為原發性肝癌的臨床輔助診斷指標，并且也可以用于評估患者的病情發展情況。除此之外，甲胎蛋白異質體的指標變化，還可以通過不同類型的指標變化，判斷是腫瘤引起的指標異常，還是其他良性病變引起。