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角膜移植免疫排斥的發生幾率，需要結合植片大小判斷，越接近角膜中央的移植其排斥越低，越接近周邊排斥率越高。因為角膜緣周邊有豐富血管網，與血管接觸后更容易發生排斥反應。故角膜移植以后排斥反應的發生率，與疾病性質、炎癥嚴重程度、移植植片的直徑大小有關，植片直徑越大排斥發生率越高。 有些疾病，比如圓錐角膜本身是一種變性類疾病，伴有角膜營養不良，局部炎癥反應非常輕。這一類的疾病做角膜移植以后，排斥幾率很低。此外，手術方式也很重要，比如穿透移植和板層移植的排斥幾率不同，穿透性角膜移植的排斥幾率，相對比板層角膜移植的排斥幾率高很多。