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大部分肝癌患者的甲胎蛋白都會升高，因為甲胎蛋白是肝癌的特征性腫瘤標志物，正常情況下，在胎兒時期，體內產生甲胎蛋白，成年時期基本不再產生甲胎蛋白。但如果發生肝細胞肝癌，70%左右的患者，都會出現甲胎蛋白升高。甲胎蛋白有各種各樣的異構體，常規的檢查只能針對絕大多數的異構體進行檢測。所以70%的患者甲胎蛋白升高，就現有的檢查可發現升高，但30%的所謂的陰性患者，如果查甲胎蛋白的異構體，也有部分患者的甲胎蛋白升高。隨著科學技術進步，肝癌患者除查甲胎蛋白這種腫瘤標志物外，還有其他標志物進入臨床，最常見的如PIVKA，PIVKA的特異性非常高。基本如果出現肝癌，即便甲胎蛋白陰性，查PIVKA也會有陽性表現。現在還有很多的血清標志物的應用，除甲胎蛋白、PIVKA外，還有GPC-3等常進入臨床試驗，在臨床研究中。