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在肝細胞癌的患者中，約有70%的患者血清甲胎蛋白升高。因此如果用甲胎蛋白進行肝癌的診斷，可能有30%的患者會出現漏診，所以甲胎蛋白的升高并不等于得了肝癌，甲胎蛋白的值也不能作為肝癌的診斷標準，僅作為疑似肝癌的參考。如果甲胎蛋白的值＞400μg/L，且持續1個月以上，或者是＞200μg/L持續2個月以上，這個時候就需要高度懷疑肝癌，但是不能夠僅憑此診斷肝癌，需要結合影像學的檢查進行綜合判斷。甲胎蛋白主要是胎兒胎肝中的幼稚肝細胞，分泌合成的一種糖蛋白，正常成人成熟的肝細胞不會分泌甲胎蛋白，因此甲胎蛋白在成人的血清中含量非常的低，一般是＜20μg/L。但是在肝細胞發生癌變的時候，癌變的腫瘤細胞能夠重新分泌甲胎蛋白，在肝細胞癌的患者中，大概有70%左右的患者，血清中的甲胎蛋白會升高，因此甲胎蛋白在篩查早期的肝細胞癌的患者中應用非常廣泛。甲胎蛋白升高并不等于得了肝癌，因為甲胎蛋白的升高分為生理性的升高和病理性的升高，即使是病理性的升高，也未必就是得了肝癌，需要進行鑒別。比如有肝損傷，當轉氨酶升高時，往往也會伴隨甲胎蛋白升高，但是這種情況不能夠認為病人得了肝癌。