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最常見、國內使用最多的肝癌標志物，是甲胎蛋白和PIVKA。甲胎蛋白正常是在嬰幼兒時期出現的特殊蛋白質，成年人后的表達幾乎消失，正常值是不超過20ng/mL左右。出現疾病的過程中，甲胎蛋白會重新布置，最常見是原發性肝細胞肝癌。除原發性肝細胞肝癌外，其他疾病也可引起甲胎蛋白升高，最常見的是畸胎瘤。婦產科其他腫瘤也可分泌甲胎蛋白，甚至胃腸道腫瘤也可出現甲胎蛋白升高。另外，存在肝炎背景的患者，經常會見到肝炎、肝硬化患者的甲胎蛋白有輕度升高。這部分患者出現甲胎蛋白升高，并不一定是出現肝細胞肝癌，但持續升高需要警惕。除甲胎蛋白外，現在開始應用的還有PIVKA腫瘤標志物。PIVKA腫瘤標志物，并不是常規檢查項目，因為特異性高，但敏感性并不高，目前最常用的是這兩種標志物。