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肝硬化時患者的甲胎蛋白可能會升高，因此需要注意密切監測。目前臨床上長期的肝硬化患者存在發生肝癌的風險，甲胎蛋白升高可作為監測原發性肝癌發生風險以及評估療效的重要血清標志物。甲胎蛋白與肝癌及多種腫瘤的發生發展密切相關，并且在多種腫瘤均可表現出較高的濃度。原發性肝癌患者的甲胎蛋白含量增高，而像睪丸癌、卵巢癌，惡性畸胎瘤或消化道腫瘤也可能引起甲胎蛋白的升高。 肝病患者如果患有肝炎，特別是乙型病毒性肝炎、肝硬化等良性病變，其甲胎蛋白水平也可存在不同程度的升高，但往往比肝癌的甲胎蛋白低，其數值與肝細胞受損程度密切相關。如果是良性肝病，甲胎蛋白的含量升高通常是一過性，一般持續兩周左右的時間即可降低，而惡性腫瘤的患者其甲胎蛋白的值則可能會持續升高。