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造血干細胞移植并發癥有很多，最常見移植物抗宿主病，簡稱GVHD，即供者的免疫系統植入患者身體內，對患者的器官產生排異，是最常見的并發癥。還有感染，因為病人沒有免疫功能，常常引起各種感染，包括病毒、細菌、真菌感染。 其他并發癥包括出血性膀胱炎、植入不良等等，約十幾種。預防移植物抗宿主病一是找合適的供者，二是免疫抑制劑治療，大部分病人不發生或者發生很輕。如果出現比較嚴重的移植物抗宿主病，有很多藥物進行治療。