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乙肝抗原可分為3種，分別是乙肝表面抗原、乙肝E抗原和乙肝核心抗原。由于乙肝核心抗原主要存在于乙肝病毒的大球形顆粒中，而血中測不出，所以一般乙肝抗原主要指乙肝表面抗原和乙肝E抗原。乙肝表面抗原是乙肝病毒的外殼蛋白，本身不具有傳染性，只具有抗原性，但它的出現常伴隨乙肝病毒的存在，所以它是已感染乙肝病毒的標志，可存在于患者的血液、唾液、乳汁、汗液、淚液、鼻咽分泌物、精液及陰道分泌物中。大部分急性乙肝患者的乙肝表面抗原結果，可在病程的早期轉陰，慢性乙肝患者該指標可持續陽性。乙肝五項中，乙肝表面抗原是反映是否存在乙肝病毒感染的最主要指標，健康人應為陰性，陽性表示感染了乙肝病毒。乙肝E抗原由病毒基因在制造乙肝病毒過程中產生，繼而分泌到血液中。當血液檢測乙肝E抗原為陽性時，代表該病毒在大量增殖，這時血液中乙肝病毒核酸通常為陽性，代表血液中含有大量的乙肝病毒，而且具有高度的傳染性。如果乙肝E抗原為陰性而乙肝E抗體為陽性，通常表示乙肝病毒已經不再大量的增殖。