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寶寶免疫功能低下和免疫缺陷不同，具體如下：1、免疫缺陷：免疫缺陷是指寶寶由于先天性免疫系統發育缺陷，或者是后天的免疫系統受損，導致寶寶出現免疫功能的明顯缺陷。常常是在出生以后不久，就會出現嚴重的感染，比如說寶寶會出現敗血癥、重癥肺炎和化膿性腦膜炎，以及某些重癥的病毒感染等。免疫缺陷好多都是由于先天的基因缺乏導致，往往治療上要給寶寶補充丙種球蛋白，或者是經過骨髓移植以后才能夠改善，繼發性的免疫缺陷常常是指患有艾滋病；2、免疫功能低下：而寶寶免疫功能低下往往是生理狀態，這跟寶寶的免疫系統的發育情況有關。寶寶在出生以后，無論是特異性免疫和非特異性免疫功能都不健全，非特異性免疫包括皮膚的屏障功能，包括補體、溶酶體和備解素的含量以及功能都處于低下水平。所以存在寶寶免疫水平相對比較低，抗感染能力偏弱的情況。還有寶寶特異性的免疫功能，相對來說也比較弱。比如在細胞免疫方面，CD4陽性細胞和CD8陽性細胞的比值，以及Th1和Th2細胞分泌的細胞因子的量，只有到了2歲的時候才能達到成人的水平。而在體液免疫方面，寶寶B細胞產生抗體的能力相對比較低，而IgM抗體不能通過胎盤，所以寶寶患革蘭陰性桿菌引起的敗血癥的可能性相對比較大。等到寶寶到了7周歲以后，血清中的抗體水平，包括IgA、IgG和IgM的水平才能達到成人水平。這時寶寶的免疫功能才相對成熟，所以寶寶存在著免疫功能低下是比較常見的現象，和寶寶的生理功能發育相符。