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泌尿系統感染可以分為上尿路感染和下尿路感染，上尿路感染主要是腎和輸尿管的感染，下尿路感染主要是膀胱和尿道感染。又可以根據病原微生物的不同，將泌尿系統感染分為特異性感染和非特異性感染。上尿路感染當中主要的是非特異性感染，也可見特異性感染，最常見的細菌是結核桿菌。而在下尿路感染當中，非特異性感染主要致病菌還是細菌，常見細菌包括大腸埃希菌、變形桿菌、克雷伯桿菌、假單胞菌等革蘭氏陰性細菌。同時也存在革蘭氏陽性細菌感染，如金黃色葡萄球菌。下尿路感染最值得注意的是特異性感染，下尿路感染中最常見的特異性感染是淋菌性尿道炎，其主要是淋菌奈瑟氏菌感染。此外，對于非淋菌性尿道炎，常見的感染病原微生物是沙眼衣原體、解脲支原體、人型支原體等。其他可能會引起感染的微生物，包括滴蟲、白色念珠菌等。所以在尿路感染當中，往往需要根據細菌學的培養來選擇合適藥物進行治療。