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治療肺部真菌感染并不難，因為21世紀以后，相繼有很多不同類型的抗真菌藥問世，這些不同類型的抗真菌藥療效好、副作用小，大多數患者都可以承受，給臨床抗真菌治療開辟了一個新的領域。肺部真菌感染最難的在于診斷和鑒別診斷，肺部真菌感染的特點是臨床癥狀比較遷延，全身反應比較輕，病程比較長，通常比較容易發現的是白色念珠菌。但也有一部分白色念珠菌對常用的氟康唑耐藥，以至于誤以為是白色念珠菌，用了氟康唑效果不好，殊不知可能還有非白色念珠菌，以及曲霉菌。此時可能就要選擇對非白色念珠菌、對耐氟康唑的白色念珠菌、對曲霉菌有效的價格相對比較貴的抗真菌藥。由于臨床很難獲得非白色念珠菌、曲霉菌感染的證據，這樣就會導致治療遷延。另外，隱球菌也是常見的肺部真菌感染，隱球菌肺炎多半是以結節的形式存在，但是在手術前，相當一部分肺結節患者并不知道是隱球菌導致的，只有通過手術以后的病理，才確診是肺部隱球菌感染。因此，肺部真菌感染治療難度不大，只要明確是真菌感染，而且知道是哪一種類型，就可以選擇相應的抗真菌藥。大部分人都是可以臨床治愈的，難就難在如何早期診斷、早期確診、早期合理選擇抗真菌藥物。