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腦炎分為感染性腦炎和免疫性腦炎，感染性腦炎是由病原體直接侵犯腦實質造成的腦部疾病，免疫性腦炎是由于自身免疫機制介導的腦實質受損的疾病，這兩類疾病的形成過程不太一致。 臨床上導致腦炎的病原體有病毒、細菌、螺旋體、寄生蟲，這些病原微生物可以通過不同的途徑侵犯到腦實質，部分經過血行的直接播散，有的是鄰近器官的感染造成的腦組織的感染，如鼻竇炎、乳突炎造成骨質的破壞以后導致感染性腦炎。病毒可以在腸道、呼吸道直接侵犯到神經干，逆行進到腦組織造成感染性腦炎。 免疫性的腦炎多數是由于免疫機制導致的腦實質受損。常見的免疫性腦炎，比如抗NMDA受體腦炎，是體內的抗NMDA受體抗體介導的腦炎，都與免疫相關，有的患者是有畸胎瘤或者合并其他的腫瘤導致腦炎。其他抗體介導的腦炎，有些是由免疫機制介導，有些有合并的腫瘤產生的特異性的抗體，是針對神經組織的抗體介導的腦炎。