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乙肝三系主要是檢查是否存在乙肝病毒感染、乙肝表面抗體，即保護性抗體產生。通常三系包括乙肝表面抗原、乙肝表面抗體、乙肝e抗原、乙肝e抗體、乙肝核心抗原和乙肝核心抗體，但是乙肝核心抗原入血后會消失，因此只留下乙肝核心抗體，通常查乙肝五項時沒有乙肝核心抗原。如果上述五項中1、3、5陽性或者1、4、5陽性，代表感染乙肝病毒，只要表面抗原第一項陽性，就代表乙肝病毒已經感染。如果乙肝五項是全陰結果，代表從來沒有感染過乙肝病毒，但對乙肝病毒也沒有免疫能力，當乙肝病毒入侵時，有可能會感染乙肝病毒。如果要想免于乙肝病毒感染，需要有乙肝表面抗體存在，也就是乙肝五項第二項陽性。乙肝表面抗體是通過注射乙肝疫苗實現，注射完乙肝疫苗，如果第二項陽性，代表保護性抗體產生，乙肝病毒入侵時可以免于乙肝病毒感染。