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肺炎鏈球菌的主要致病物質，即莢膜中的多糖結構，肺炎鏈球菌致病力大小，也與肺炎鏈球菌莢膜中多糖結構以及含量相關。引起成人肺炎鏈球菌感染的主要血清型是1-9型，以及12型，其根據肺炎鏈球菌中莢膜的多糖結構進行分型。具有多糖結構的莢膜侵襲肺泡，導致肺泡壁水腫，之后肺泡壁出現滲出，包括有白細胞和紅細胞的滲出，另外還有含菌液的滲出。滲出液會通過肺泡間的隔室孔，向相鄰肺泡蔓延，最終導致整個肺葉出現炎癥。由于肺炎鏈球菌感染從肺外周開始，所以肺葉間分界非常明顯，即出現大葉性肺炎。另外肺炎鏈球菌感染容易侵犯胸膜，導致胸膜炎發生，所以肺炎鏈球菌主要致病物質，即莢膜中的多糖結構。