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腦部彩超和腦部CT有必要同時做，因此二者所檢查的部位不一樣。腦部彩超主要查看腦部血管，如頸動脈、椎動脈、鎖骨上動脈 。腦部超聲現在常被用于早期腦血管病的篩查和疾病的監測，比如腦血管狹窄、動脈硬化斑塊。條件好的腦部超聲或技術比較嫻熟的醫生，能夠觀察到一部分腦內動脈或靜脈，頸部動脈看得最好。腦部超聲還可以對部分疾病診斷提示，主要是帕金森病，其發病機制是黑質病變，病變過程中會有大量的鐵質沉積，通過腦部超聲可以發現沉積在黑質上的鐵質，來預判或分析帕金森病是否發生及嚴重程度。腦部CT主要看腦實質，如有無腦實質出血、梗塞、腫瘤。增強CT血管造影可以看到血管，而且比腦部超聲顯影更好。