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腦炎大多數由感染引起，因此小孩得腦炎大多數都是因為感染了病毒或細菌。感染細菌就叫化膿性腦炎，感染病毒就叫病毒性腦炎，還有一部分腦炎不是感染引起，叫自身免疫性腦炎，是由于感染后機體產生了自身抗體導致的腦炎，上述是小孩得腦炎的直接原因。易得病毒性腦炎或細菌性腦炎的孩子，有一些有腦部局部結構的異常，比如容易得化膿性腦炎的孩子。脊柱后面有一個竇口，稱為皮毛竇，這種孩子很容易感染細菌，感染細菌后就容易得腦炎。有的并沒有找到明顯的結構異常，是因為感染病毒和細菌，通過血液播散進入腦中引起感染，這種最為常見。只有一小部分可能找到有結構異常，大多數都沒有結構異常，感染病毒或細菌后導致菌血癥或病毒血癥，通過血-腦屏障入腦，從而引起感染。