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頭顱磁共振結合相應序列，如血管成像、DWI(擴散加權成像)、水成像等，可以用于檢查常見的顱內的病變或結構異常，如代謝性疾病、炎癥性疾病、感染性疾病、腫瘤疾病以及遺傳代謝性疾病、變性疾病等，具體可檢查的疾病如下：1、腫瘤：頭顱磁共振臨床上多用于腫瘤檢查，顱內惡性或良性腫瘤可以通過頭顱磁共振平掃加頭顱磁共振增強進行診斷；2、腦血管疾病：如缺血性腦卒中、腦栓死等疾病，可以通過頭顱磁共振加DWI(擴散加權成像)或加MRA(磁共振血管造影)等進行診斷；3、遺傳性疾病：如共濟失調癥等，通過頭顱磁共振可以看到相關的萎縮；4、變性疾病：如多系統萎縮，通過頭顱磁共振可以看到腦橋、小腦的萎縮情況。如患有進行性核上性麻痹，也可觀察到腦干的退行性病變；5、感染性疾病：如病毒性腦炎、腦膜炎、寄生蟲腦病等炎癥感染或其它自身免疫引起的疾病，如多發性硬化癥或自身免疫性腦炎等，也可以通過磁共振進行診斷。