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核磁共振應用較為廣泛，優越性主要體現在顱腦檢查方面，對于腦血管病、腦炎、腫瘤、脫髓鞘疾病，尤其是對超急性期腦梗死顯示具有較高價值。四肢骨關節，例如關節半月板、韌帶，只有核磁共振才能檢查。脊柱病變除椎間盤突出外，對脊髓、椎管內病變的顯示也存在優越性。內臟器官檢查方面，如腹部、盆腔，包括肝臟、前列腺疾病等，核磁共振檢查具有獨到價值，前列腺分為中央帶、周圍帶，只有核磁共振才能進行精確分區和診斷。 總之，核磁共振應用較為廣泛，在全身各部位各系統均有較高應用價值，但需要注意部分患者不能進行核磁共振檢查，例如心臟起搏器植入、支架植入、金屬鋼板植入患者，需要在臨床醫生指導下進行核磁共振檢查。