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肝膿腫可以分為三個分期，分別是急性感染期、肝膿腫期以及愈合期。細菌通過相關的通道進入肝臟，比如膽道、腸道、動脈、靜脈、淋巴管，在肝臟內定殖，這種情況下，引起了急性感染。在感染期，主要是處于炎癥病灶的過程，這個時間并沒有膿液的形成，在初期就需要及時給予廣譜的抗生素。如果有出現血液感染或者敗血癥的情況下，則需要根據培養的結果，進一步明確感染的病菌，以便采取藥物敏感試驗，給予敏感的抗生素治療，能夠獲得良好的療效。有可能針對部分小的膿腫，并不會成膿，而針對一些大的膿腔，如果沒有及時給予處理，將會使炎癥病灶逐步轉變成膿性病灶，膿腔內積累膿液，有可能是部分化膿，也有可能是全部化膿。這種情況下，如果膿液無法吸收，需要進行穿刺治療。穿刺是經過皮膚肝臟，將膿腔內的膿液吸出，這種情況下能夠有效地促進膿腫的恢復。某些必須的情況，還有可能需要手術治療，才能達到根治的目的。經過穿刺以后，膿液清除，逐步進入了愈合期。整個肝膿腫出現萎縮，并且逐步通過疤痕性的愈合。一般時間小的膿腫可能需要2-3周，而大的膿腔可能需要1-2個月，有的甚至需要半年才能逐步愈合。在愈合期一定要定期復查、隨訪，以觀察膿腔的大小，以及是否仍然有積膿、是否需要進一步的處理。