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肝膽外科主要看的疾病是指需要通過外科手術治療的肝臟、膽道、胰腺疾病等，需要外科手術干預的肝臟疾病包括原發性肝癌、轉移性肝癌、肝內膽管結石、較大的肝囊腫、肝血管瘤、肝腺瘤。膽道系統疾病則包括膽囊結石、肝內外膽管結石、膽管癌等，胰腺疾病包括需要外科干預的重癥胰腺炎、胰腺囊性占位、胰腺癌等。另外像肝硬化合并的門靜脈高壓癥引起的食管-胃底靜脈曲張破裂出血，必要時也需要外科醫生進行手術干預。而外傷性的疾病像肝臟外傷、腹部外傷，累及到肝、膽、胰腺等，也需要肝膽外科醫生來參與救治，還有某些先天性的疾病，像先天性膽道閉鎖、先天性膽總管囊腫，或者是某些難以和良性疾病相鑒別的像腫塊型胰腺炎，或者是某些原因不明的腹腔內的占位，有時也需要肝膽外科醫生來參與手術治療。