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腸道菌群失調(diào)時腸道環(huán)境被打破，腸道本身會出現(xiàn)癥狀，如大便習慣改變、腹脹，也可能會出現(xiàn)其他系統(tǒng)問題。但腸道菌群失調(diào)與疾病之間的關(guān)系尚不明確，若確定某種細菌與疾病有關(guān)，則可能是感染性疾病，而非腸道菌群失調(diào)。 較為明確的腸道菌群失調(diào)引起的疾病，是抗生素相關(guān)性腹瀉，部分嚴重感染患者在大量應(yīng)用抗生素以后，不僅殺滅病變部位的致病菌，同時也可能殺滅腸道內(nèi)正常存在的菌，從而造成腸道菌群紊亂，引起嚴重的頑固性腹瀉。腸道正常菌群環(huán)境破壞以后，難辨梭狀芽孢桿菌等機會感染菌會在菌群紊亂的情況下引起腸道疾病。