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通常做磁共振檢查的時間會比CT較長，頭部磁共振做普通序列，可能也要20分鐘左右。由于磁共振會掃描不同的序列，比如彌散加全成像(DWI)、T1加權像、T2加權像、液體翻轉抑制成像(FLARE)、磁敏感加權成像(SWI)，或者要對特殊部位比如矢狀位等部位做檢查。因此核磁檢查需要的時間長，部分特殊的情況下，如果要做特殊序列或者更特殊的檢查，可能需要的時間會更長。做核磁檢查時，要對患者身體情況做評估，例如有幽閉恐懼癥的患者不適合做，生命體征不平穩的患者要完成整個核磁檢查，會有一定的困難，此時可以改用CT等方式代替。相對核磁檢查，CT掃描時間較短，但CT所提供的信息，或者是對精細結構的顯示沒有核磁較好。