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胚胎發育有多種原因，具體的常見原因如下：1、胚胎本身原因：比如先天有染色體異常、基因異常以及胚胎本身的畸形，胚胎自身的原因占到50%以上，染色體異常概率比較高。所以如果發現胚胎發育不好，在做流產時最好可以做胚胎染色體相關的檢查，以預防再次懷孕后的某些胚胎異常；2、孕婦原因：若孕婦有某些較嚴重的基礎疾病，而且沒有經過治療或治療以后控制效果較差，也會影響胚胎的發育，比如嚴重的慢性高血壓、糖尿病血糖控制比較差或沒有控制的甲狀腺疾病，甲狀腺功能減退、甲狀腺功能亢進，但沒有吃藥，還有些是免疫系統疾病，比如紅斑狼瘡、抗磷脂抗體綜合征等，還有內分泌疾病；3、父親原因：比如精子的異常也會導致胚胎發育不良。