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胃腸道間質瘤患者所處的病情階段不同，首選的治療方法也會因此有所不同。具體治療方法如下：1、手術切除：對于原發局限的胃腸道間質瘤，即腫瘤沒有出現擴散，而且是可以切除的情況下，首選治療應該是手術切除；2、新輔助治療：部分患者由于腫瘤比較大，直接手術切除困難，這時首選的治療方法是在術前給予6-12個月的新輔助治療，即在術前口服靶向藥物縮小腫瘤，通過腫瘤的縮小情況評估，來決定是否需要進行手術治療。對于部分保留器官和功能的手術，也可以在術前考慮進行新輔助的治療；3、靶向治療：對于不能切除轉移的，或者復發的胃腸道間質瘤，首選的治療方法是靶向治療，即口服的靶向藥物治療。目前根據國內外指南的推薦，胃腸道間質瘤有一線、二線，三線、四線藥物的選擇，一線藥物是伊馬替尼，二線藥物舒尼替尼，三線藥物是瑞戈非尼，四線藥物是瑞派替尼。晚期患者雖然口服靶向藥的效果相對比較好，但具體藥物的選擇，以及首選藥物治療耐藥以后的處理，都需要有經驗的醫生綜合進行判斷。所以建議查出胃腸道間質瘤的患者，應該及時去權威的三甲醫院進行正規的治療，具體的治療方案需要結合臨床，由醫生面診指導作為標準。