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甲硝唑和阿莫西林均是臨床上常用的抗菌藥物，兩者在藥物分類、作用機制、抗菌譜、臨床應用等方面，均有較大區別，具體如下：一、藥物分類：1、甲硝唑是硝基咪唑類的抗菌藥物。2、阿莫西林是青霉素類藥物；二、抗菌機制：1、甲硝唑的抗菌的機制是通過分子中所含有的硝基，在無氧環境中，發生還原反應，還原后的集團，具有細胞毒作用，從而起到殺滅病原菌的功效。甲硝唑對厭氧菌具有一定抗菌作用，且對阿米巴蟲也具有抗菌的功效。2、阿莫西林通過抑制細菌細胞壁的合成，起到抗菌的效果。阿莫西林是廣譜的抗菌藥物，主要對革蘭氏陽性菌、革蘭氏陰性菌等需氧病原菌起到抗菌作用；三、臨床應用：1、甲硝唑可用于厭氧菌所致的感染，如口腔、牙齦的感染，也可以用于泌尿系統、腸道的感染，還可以用于生殖系統的感染，如常用于陰道炎。2、阿莫西林作為廣譜的抗菌藥物，臨床上更多用于呼吸系統、胃腸道、皮膚或軟組織，以及泌尿系統感染；四、注意事項：1、使用甲硝唑期間要絕對禁酒，因其與酒精會有相互作用，可能發生醉酒樣反應，醫學上稱為雙硫侖反應。2、阿莫西林屬于青霉素類藥物，因此如果患者既往有青霉素過敏史，則不能使用此藥。