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甲硝唑和替硝唑屬于同一類別的抗菌藥物，但兩種藥物也有一定區別，具體如下：1、藥品代差：甲硝唑屬于第一代硝基咪唑類抗菌藥物，而替硝唑屬于第二代的硝基咪唑類抗菌，替硝唑是甲硝唑的升級藥品；2、抗菌作用：甲硝唑主要對厭氧菌具有較好的抗菌作用，對滴蟲、阿米巴蟲也具有一定的治療效果。而替硝唑同樣對上述病原菌具有明顯的治療作用，替硝唑的抗菌作用是甲硝唑的2-4倍，因此在療效方面，替硝唑強于甲硝唑；3、副作用：替硝唑也具有一定的優勢，替硝唑相對于甲硝唑而言，不良反應的發生率以及嚴重程度均有所減輕和減少。甲硝唑容易導致胃腸道反應，而替硝唑的不良反應發生率以及嚴重程度，都有所下降；4、作用時間：甲硝唑和替硝唑相比，替硝唑每服用1次，藥效持續時間更長。因此替硝唑的服藥間隔長于甲硝唑，在用藥依從性方面也具有一定優勢。