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寶寶心房隔缺損是一種先天性心臟病，目前確切的原因不是很清楚，但是據研究與以下因素有關系。1、遺傳因素：如果是寶寶的父母有先天性心臟病或者是兄弟姐妹有心房間隔的缺損，寶寶發生心房間隔的缺損顯著增高，或者寶寶本身有一些染色體的異常，或者有基因的異常，比如心房間隔缺損的寶寶是18三體綜合征。出現心房間隔缺損的概率就非常高，70%-80%的可能都會有缺損，所以與基因遺傳因素有關系；2、外部環境因素：比如常見的心房間隔缺損，母親在懷孕期間血糖偏高，有妊娠期糖尿病疾病，發生心房間隔缺損的概率也大大增加。另外在懷孕期間受到了射線的接觸，經常接觸射線，比如安檢人員經常要通過安檢口，以及機場工作人員。或者在懷孕早期接受了射線的檢查，做了X光的檢查，也可能會導致心房間隔的缺損；3、感染：對于早期受到的病毒感染，比如感冒、單純皰疹病毒、風疹病毒等感染，也會導致心房間隔缺損的發生；4、缺乏微量元素：比如葉酸缺乏，也會導致這種心房間隔缺損的發生。所以寶寶心房間隔缺損的原因有很多種，有基因遺傳背景的問題，有外部環境的生物、物理、化學因素的影響，也包括這些相互作用的結果。部分寶寶可能沒有基因的背景，也沒有接觸過顯著的物理、生物，化學因素，但是也發生了心房間隔的缺損，也有可能，因為更多的是環境與基因背景相互作用所導致。