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身體里一旦檢出病原微生物，無論是細菌還是其它病原體，一定要區分是在體內定植病原體還是標本被污染，以及真正感染病原體。如果確定是真正感染病原體，是否使用抗生素進行殺滅，以及使用何種抗生素，主要取決于機體抵抗力、病原侵襲力以及疾病嚴重程度。 如何選擇抗生素殺滅侵入到機體內細菌，主要取決于感染部位，以及感染病原體是革蘭氏陽性菌還是革蘭氏陰性菌。細菌是否產生耐藥性，結合本部門、本地區流行病學，經驗性選擇抗生素。此外，需要考慮如果使用抗生素殺滅細菌，希望抗生素是時間依賴性還是濃度依賴性，以及在體內藥代動力學和藥效學，以及抗生素對于機體帶來哪些不良反應等。