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甲狀腺球蛋白升高一般提示機體產生自身免疫性疾病，機體把甲狀腺當做抗原產生自身抗體，包括甲狀腺球蛋白抗體、微粒體抗體，這種情況最常見，是機體發生自身免疫性疾病，比如橋本甲狀腺炎。慢性淋巴細胞性甲狀腺炎和彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥以及類風濕關節炎、皮肌炎、Still病、系統性紅斑狼瘡都可能出現甲狀腺球蛋白抗體的升高。如果發生橋本甲狀腺炎，除甲狀腺球蛋白抗體、微粒體抗體升高，隨著疾病的進展，淋巴細胞逐漸代替甲狀腺組織，使得甲狀腺激素合成、分泌的場所減少，最終導致甲狀腺功能減退癥，這時應該給予左甲狀腺素替代治療。橋本甲狀腺炎患者從抗體升高到發生甲狀腺功能減退癥的時間因人而異、長短不一，有些患者3-5年出現甲狀腺功能減退癥，有些患者8-10年都沒發生甲狀腺功能減退癥。在沒有發生甲狀腺功能減退癥時，一般不需要治療；發生甲狀腺功能減退癥以后，給予左甲狀腺激素替代治療。有時在彌漫性甲狀腺腫伴甲狀腺功能亢進癥時，抗體也可能升高，但是升高的程度沒有橋本甲狀腺炎明顯。