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綠膿桿菌感染屬于相對比較嚴重的感染，不能夠自愈。綠膿桿菌感染后，特別是在肺部綠膿桿菌感染，通常比較嚴重，容易形成細菌耐藥，一般的抗菌藥物效果較差。當用有效的抗菌藥物時，綠膿桿菌對抗菌藥物會產生一種耐受，形成一種生物被膜，會有大部分的綠膿桿菌被殺死，而小部分的綠膿桿菌具有耐藥，這些綠膿桿菌就會在感染的部位，特別是肺部寄生下來。當再次免疫力低下時，當時沒有完全殺死的綠膿桿菌可能會再次繁殖，或引起再次感染。因此，當有綠膿桿菌感染時，會給予非常積極的抗感染藥物治療。如果是感染了綠膿桿菌，一次不治徹底，會容易出現反復的綠膿桿菌感染，一旦出現抵抗力低下或合并感冒，綠膿桿菌的感染就會再次復發。