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肺結核陰性又稱為菌陰肺結核，表示患者痰液抗酸桿菌結果呈陰性，是檢驗肺結核活動性的指標之一。菌陰肺結核與痰標本合格率、病情嚴重程度、影像學上病灶部位與支氣管距離有關。由于兒童不會正確吐痰，痰標本合格率較低，結核菌檢出率更低，因此痰檢陰性不代表痰液完全沒有結核菌，只是結核菌相對較少，不容易被發現。 肺結核陰性需要臨床醫生綜合分析，如果患者無任何癥狀，結核感染T細胞檢測或結核PPD皮試無異常、胸部CT無異常病灶，此時痰液未找到抗酸桿菌，可能提示患者未感染肺結核。如果患者出現臨床癥狀，胸部CT有類似結核的病灶，此時即使痰液未找到抗酸桿菌，也不代表患者沒有肺結核。因為肺結核患者會間斷不均勻地排出結核桿菌，一次痰液檢查可能出現假陰性，所以需要收集3次以上的痰液，包括清晨痰、夜間痰、即時痰，或者支氣管下進行刷檢或者灌洗液送檢，以提高陽性率。