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奧硝唑和甲硝唑屬于同一類的抗菌藥物，屬于硝基咪唑類的抗菌藥物。首先抗菌機制相同，主要是通過在無氧的環境下，干擾病原菌的代謝的過程起到抗菌作用，奧硝唑和甲硝唑相比較，甲硝唑屬于第一代的硝基咪唑類抗菌藥物，而奧硝唑是在甲硝唑的基礎上進行相應的優化，屬于第三代硝基咪唑類的抗菌藥物。在抗菌效果方面奧硝唑的抗菌效果通常優于甲硝唑，在用藥安全性方面奧硝唑不良反應也是少于甲硝唑。甲硝唑容易導致患者出現胃腸道的反應，奧硝唑的胃腸道副作用要少于甲硝唑，甲硝唑有可能和酒精發生雙硫侖反應，而奧硝唑的結構特點和酒精沒有雙硫侖反應。總之奧硝唑片和甲硝唑片都是屬于硝基咪唑類的抗菌藥物，但是在抗菌藥物的效果以及用藥安全性方面，奧硝唑優于甲硝唑。