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到目前為止并沒有公認的最佳的移植途徑，每一種移植的途徑都有優缺點，譬如內鏡途徑，最大的好處可以全結腸的給藥，但是存在內鏡操作風險，譬如穿孔、出血、感染等。 灌腸方式比較方便可行經濟費用比較低，但是灌腸途徑也存在缺點，即灌腸部位只能夠到直腸或者直胰交界位置，這種情況沒辦法全結腸給藥，會影響療效。 另外也很難保證患者能夠保持一段時間，讓糞菌停留在腔里面，這樣也會影響療效。至于口服膠囊途徑是患者最容易接受的，相對不會引起不適感，也沒有其他操作風險，但是有缺點是很難保證糞菌膠囊里面的糞菌的有效性以及穩定性。 一般情況下，在糞菌膠囊處理的過程中，有可能會損耗一些有益成分，從而影響整個糞菌移植療效，所以到目前為止，新鮮糞菌暫時還是無法替代的。