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所謂糞菌移植，簡單來說是從健康人的糞便中提取功能性菌群，然后移植到患者的腸道內，通過重建患者新的腸道菌群，從而達到腸內外疾病治療的目的。其實有關糞菌移植最早的記錄在公元300-400年，我們的祖先東漢時期葛洪在有關的醫學書籍里面有記載，通過用人的糞上清來治療食物中毒以及嚴重腹瀉，都取得比較好的效果。西方國家在1958年的時候，美國的一個外科醫生通過用糞菌移植的方法治療偽膜性腸炎，也取得比較好的療效。隨著時代的發展，糞菌移植的方法學也在不斷的演變，從最原始的手工制作方法到現代智能化的機器分離，即現在標準化的糞菌移植。所謂標準化糞菌移植是借助現代的實驗室儀器，把健康人糞便中的菌群進行高度純化分離，然后通過移植到患者腸道內。標準化糞菌分離對硬件以及軟件要求都比較高。首先要有獨立糞菌分離實驗室，并且要經過培訓熟練、經驗豐富的操作技術人員，其次要有一套比較完整的、嚴格的供體篩查體系。