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衣原體隸屬于衣原體科，有六個種：包括沙眼衣原體、肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體、鼠衣原體、豬衣原體以及家畜衣原體。其中沙眼衣原體和肺炎衣原體，常被臨床所檢測。衣原體的臨床意義為：目前沙眼衣原體共有18個血清型，血清型A、B、Ba和C來自于沙眼患者的病人，沙眼衣原體血清D-K，包括Da、Ia和變異的Ja均與生殖道疾病有關；沙眼衣原體血清型L1、L2、L2a和L3可導致性病淋巴肉芽腫；肺炎衣原體可引起鼻竇炎、咽喉炎、支氣管炎以及肺炎等在內的上呼吸道及下呼吸道感染，在成人及兒童社區獲得性肺炎的病原體中占10%-15%；人體感染鸚鵡熱衣原體可表現為嚴重的慢性肺炎，典型癥狀包括發熱、寒戰、肌肉痛、劇烈頭痛、肝脾及胃腸道癥狀等。