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衣原體是一類嚴格細胞內寄生的原核細胞型微生物，包括沙眼衣原體、鸚鵡熱衣原體、肺炎衣原體和牲畜衣原體。前三種可引起人類致病。沙眼衣原體感染最多見，通常通過直接接觸、間接觸摸污染物或性接觸傳播。泌尿生殖道衣原體通常檢測沙眼衣原體抗原，如果結果為陰性，則有幾種可能： 1、試劑盒測定不同的血清型的沙眼衣原體，其最低檢出水平不同，含量如果低于檢測線，即使為陽性標本，也會為陰性結果； 2、可能存在干擾檢測藥物導致陰性結果； 3、測試結果為陰性，臨床癥狀仍然存在，此時應做進一步臨床檢測，陰性結果并不能排除沙眼衣原體感染； 4、如果取樣不正確或取樣量不足，均會造成陰性結果。取樣時只能使用滌綸試紙，對宮頸口取樣或者男性尿道取樣，尿道取樣前至少需兩小時不排尿，試紙需插入2-4cm深，輕轉幾次，再停5-10秒鐘后拔出，如果取樣不正確，則會造成假陰性結果； 5、沒受到衣原體感染。 人體感染衣原體后可產生特異性體液免疫反應，即產生抗體和細胞免疫，但維持時間短。