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沙眼衣原體感染引起結膜炎、肺炎，以及泌尿生殖系統感染。但這三種疾病臨床缺乏特異性，因此臨床需要檢查沙眼衣原體。檢查沙眼衣原體的方法有血清學還有病原學，通過這兩種檢測手段，檢測出沙眼衣原體，以進一步診斷是否有沙眼衣原體引起的結膜炎、肺炎和泌尿生殖道系統感染疾病。新生兒衣原體肺炎，多發生在出生后4-11周，如合并包涵體性結膜炎，則高度提示為沙眼衣原體感染，應及時進行病原體檢查，并排除其他細菌、病毒或支原體等感染。