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肝囊腫是肝臟的良性疾病，如果診斷比較明確的肝囊腫，甲胎蛋白是不會升高的。因為甲胎蛋白是在胎兒肝臟或者卵黃囊分泌的一種蛋白質，成人的含量非常低。如果甲胎蛋白的升高，大多數情況是由于肝癌組織的生理活性，更加接近于幼稚的細胞，會分泌大量的甲胎蛋白物質。而肝囊腫沒有肝臟腫瘤細胞，因此也不太會分泌甲胎蛋白。因此對于有乙肝背景的患者，如果有肝囊腫，發現甲胎蛋白持續地升高，這時可能就要關注，所要關注的重點并不是肝囊腫，而是其他的肝臟部位有沒有可能出現一些早期的肝癌表現。當然，對于肝癌的患者，甲胎蛋白升高是越來越高，部分患者雖然有肝囊腫，甲胎蛋白也是升高的，但是只是在比正常人略高的水平線上下波動，比如20μg/L多、30μg/L多甚至40μg/L多，這樣的水平線上下波動，并不會持續性升高。這樣的患者，通常也是沒有乙肝的相關背景，沒有得肝臟腫瘤的一些相關危險因素。這時其實在臨床上稱為無癥狀性的甲胎蛋白升高，很有可能是一種生理性的表現，并不是疾病的狀態。因此診斷明確的肝囊腫，本身并不太會誘發甲胎蛋白升高的。