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胃腸間質瘤有些病人沒有特殊癥狀，很多病人就診的時候，是以腹部不適包括有腹部包塊，還有貧血癥狀，到醫院進一步就診。醫院的醫生通過進一步的彩超、CT、磁共振的檢查，如果考慮胃腸間質瘤，病人腹部腫瘤能夠手術切除，需要手術切除腫瘤，做進一步的病理和免疫方面的組化檢查才能確診。如果考慮是胃腸間質瘤，手術不能完全達到完整切除，包括需要切除一些重要臟器，需要術前做相關的腫瘤穿刺，再做進一步細胞學檢查，檢查過后如果求證了是胃腸間質瘤，都需要根據藥物治療的目的，包括免疫組化和基因檢查，主要是在臨床上選擇藥物，必須根據基因檢查選擇藥物劑量，通過藥物治療可以使腫瘤縮小，能夠減輕手術難度，能夠完整的切除腫瘤。