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新型冠狀病毒與柯薩奇病毒是兩類完全不同的病毒，雖然都屬于RNA病毒，但是在病毒分類中是兩種不同的分類。新型冠狀病毒屬于β屬的冠狀病毒，是迄今為止發現的第7種可以感染人類的冠狀病毒，特性是傳染性強但致病力弱，即所致疾病是輕癥和普通型多，重癥和危重癥相對少，與SARS冠狀病毒不同。柯薩奇病毒是可以引起呼吸道和腸道感染的病毒，與引起脊髓灰質炎的病毒特性相似，分為A型和B型。柯薩奇病毒A型引起的手足口病被納入我國法定傳染病的丙類傳染病，而新型冠狀病毒引起的新型冠狀病毒肺炎被我國傳染病法納入乙類傳染病，但按甲類傳染病進行管理。