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在獲取標本時會刺激咽部，而導致咽部的不適、咳嗽、惡心、嘔吐等不良反應，但此類不良反應在檢查結束后，會很快自行緩解，所以做核酸檢測有不良反應存在，但不良反應也會自行緩解，一般不痛苦。核酸檢測時，通常要獲取呼吸道標本，而呼吸道標本的獲取，經常通過咽拭子完成。做咽拭子時，會用帶有長柄的棉棒，在頭端會在咽腭弓和扁桃體，獲取上呼吸道的標本進行核酸檢測。而對于做新型冠狀病毒核酸檢測，雖然有不良反應，但還不能夠達到痛苦的程度，所以做新型冠狀病毒核酸檢測不痛苦，但是會有一定不適存在，此類不適可以被接受，而且可以自行緩解。