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熒光原位雜交技術也叫FISH，是近幾年來分子檢測的一種重要的方法。原位雜交的作用機理是用熒光素標記上核酸探針，用探針檢測組織切片或者細胞學涂片的靶細胞，也就是目標細胞，看如何與之結合在一起。如果能結合在一起，就形成了一種雜交體，在熒光顯微鏡看，就可以看到DNA染色體的數目和結構的異常，也可以看基因的擴增、融合、斷裂、突變。 熒光原位雜交技術在一些實體腫瘤中用處比較大，主要是在乳腺癌、肺癌，乳腺癌常規做HER2檢測。如果HER2檢測有擴增，對乳腺癌的靶向治療很有幫助，病人就可以用靶向治療。因為有的病人三陰性乳腺癌沒有HER2擴增，用藥的時候可能選擇的范圍就比較小，預后也比較差。所以，如果在乳腺癌檢測出HER2陽性的擴增，就可以用靶向藥物來治療。 此外，熒光原位雜交技術還可以做肺癌的ALK的檢測，看有無基因的斷裂。FISH檢測現在廣泛用于實體瘤的分子檢測，也有一定的適應證，要根據臨床情況進行FISH的檢測。