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支原體感染可以通過血液或其他體液檢測，如尿液、痰液等，還可以通過前列腺液檢查，而檢查具體指標不同，可以選擇RNA或者進行培養檢查，還可以檢查血液中抗體情況。臨床較為簡單為抽血查支原體抗體，若擔心有泌尿生殖系感染時，可以通過檢查尿液或使用尿道試紙進行支原體培養，也可以檢查體液中的支原體、RNA進行判斷。由于各種檢查方式所需標本不同，因此檢查所需時間也各有不同。