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輕度的、一過性的腸道菌群失調，往往通過自身免疫的調整可以達到自愈。此類輕度的腸道菌群失調，主要是腸道菌群比例的失調。如果腸道菌群失調進一步加重，可能會出現細菌的1倍。若是在機體免疫力低下的情況下，甚至會出現繼發性的機會性感染，此類感染往往難以控制，甚至危及病人生命。腸道菌群主要是包括有益菌，還有致病菌，兩者之間會達到動態平衡，對腸道黏膜的功能有益處。但如果致病菌占優勢，有益菌不占優勢后，往往會破壞腸黏膜的屏障功能，從而出現機會性感染的情況。病人往往會出現腹痛、腹瀉，甚至發熱的臨床表現。腸道菌群失調的治療主要以補充益生菌為主，此類藥物包括地衣芽孢桿菌、雙歧桿菌三聯活菌等，必要時需要進行糞菌移植。腸道菌群失調時，還要注意是否有器質性疾病所導致的疾病發生。在臨床中常見的是重大手術或者腫瘤放、化療之后，導致機體免疫力降低。所以，在重大手術或者機體免疫力降低的情況下，要時刻關注是否會發生腸道菌群失調。