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胃底間質瘤是否嚴重，這個問題很難單獨提出來。因為胃間質瘤最常好發的部位就是胃底，胃底的間質瘤占到了胃間質瘤的一半以上。所以更多的患者是發生于胃底的間質瘤。但是胃底間質瘤有其相應的特點，具體情況如下：1、不嚴重：如果胃底的間質瘤偏向于大彎側，大部分的情況都可以通過胃的局部切除，就可以把腫瘤切干凈；2、嚴重：如果胃底的間質瘤非常鄰近食管胃結合部，即俗稱的賁門，這個位置的手術難度就會相應增加。同時，如果過大的胃底間質瘤，把食管胃結合部侵犯的范圍過廣，還有可能需要做近端的胃切除，可能會讓胃做部分切除，才可以把腫瘤徹底切干凈。胃底間質瘤并不是因為發生于胃底，其病理特點、疾病轉歸就比其他位置差。但是這個位置有時會涉及到食管胃結合部，可能會造成額外的手術相關的不良因素，可能會給手術增加一定的困難，這些是客觀存在的問題。但是其疾病轉歸以及預后，還是主要與危險程度相關，即高危、中危、低危還是極低危。其危險程度最終決定預后，而并不是因為長在胃底，決定其預后。