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胃腸道間質瘤的生長速度相對較慢。胃腸道間質瘤較小時，生長速率較慢，但腫瘤逐漸較大后，生長速度便有可能會增快。胃腸道間質瘤可以按危險程度劃分，危險程度又通過腫瘤大小判斷，如直徑是＜2cm或2-5cm，亦或是5-10cm甚至更大。還通過腫瘤核分裂象判斷，在顯微鏡下面觀察細胞核的核分裂象，核分裂象越多，惡性程度便越高。此外，還和生長部位有關。如果患者腫瘤的大小越小，危險程度便越低，而腫瘤越大，則危險程度便越高。危險程度也意味著腫瘤對患者的危害，如胃腸道間質瘤越大，惡性程度或危險程度便越高，生長速度便有可能會越快。因此發現胃腸道間質瘤后，建議患者盡早處理掉。