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第四跖骨短小癥，在新生兒中的發病率大約占2/10000-5/10000。但是第四跖骨短小癥的遺傳概率較小，因為第四跖骨短小癥有一部分有遺傳性因素，表現為上一代或者家族中有病史，而下一代中也同時發生第四跖骨短小癥，但是第四跖骨短小癥同時又有非遺傳因素的存在，主要是母親在懷孕期間服用了某些藥物，比如消炎鎮痛的藥物，會引起第四跖骨關節軟骨或者是骨骺的發育異常，而導致骨骺早期閉合或者發育遲緩。所以第四跖骨短小癥遺傳給下一代的概率較小，因為只有少部分可以通過遺傳的方式遺傳給下一代。大部分是母親在懷孕期間，與周圍環境因素、藥物、接觸輻射，或者環境污染有關。在臨床上第四跖骨短小癥與手指短小癥，同時合并存在，兩者受到同樣的遺傳概率影響，遺傳的概率總體偏小。雖然沒有具體或者非常科學的統計，但是通過預防或者早期胎檢，可以做出判斷。現在基因學的進展，可以比較準確的判斷出第四跖骨短小癥的基因突變，通過早期基因篩查和基因檢測，預防和治療第四跖骨短小癥。